Vágner v roce 2016 přešel z pražského klubu FC Tempo Praha do mládeže pražské Slavie. Postupně se dostal do kádru A-týmu. Během letní přípravy v roce 2020 odehrál první utkání. V létě 2021 odešel na hostování do druholigové Vlašimi, kde strávil i následující dvě sezony 2022/23 a 2023/24. V létě 2024 přestoupil z pražské Slavie do prvoligového Hradce Králové.