Michal Hlavatý během své reprezentační kariéry působil v pěti různých věkových kategoriích české reprezentace. V letech 2013 a 2014 odehrál šest zápasů za výběr do 16 let a následně se účastnil dalších reprezentačních výběrů. Jeho posledním vystoupením bylo v listopadu 2019 v dresu české reprezentace do 21 let při výhře 6:0 nad San Marinem. Na začátku září 2020 byl nominován na kvalifikační zápasy o Euro 2021 do 21 let.