Karafiát začal svou profesionální kariéru v roce 2014 v pražské Spartě, kde se však do užšího výběru nedostal a odešel na hostování do Viktorie Žižkov, odkud se o rok později přesunul do klubu SK Dynamo České Budějovice. V roce 2016 ho odkoupil FC Slovan Liberec. Následně v roce 2020 podepsal smlouvu ve Slávii. Nyní působí za německý klub 1. FC Norimberk.